A külső és belső szűrők közötti alapvető különbség az, hogy amíg egy belső szűrő az akváriumon belül található (és ezzel gyakran rontja a természetes összhatást) addig a külső szűrő a tartályon kívül helyezkedik el, és azzal csak két csővezeték köti össze, amelyből az egyiken keresztül folyik a víz a szűrőbe, onnan pedig a másik csövön keresztül vissza az akváriumba.
A másik jelentős differencia, hogy mekkora szűrőfelület áll a baktériumok rendelkezésére ahhoz, hogy ott megtelepedve lebontsák a vízben oldott és lebegő (leginkább a halak ürülékéből és túletetésükből származó) az akvárium ökoszisztémájára legtöbbször mérgező anyagokat. A belső szűrők méretükből adódóan kis szűrőkapacitással rendelkeznek , amin nincs elég hely egy megfelelő populációjú élőkultúra kialakulásához.Éppen ezért a modern akvarisztikában csak kiegészítő "mechanikai szűrőként" használjuk növénydarabok és más nagyobb szennyeződések eltávolítására. A külső szűrők tartályába ezzel szemben nagyobb mennyiségű és általában többféle szűrőanyagot helyezhetünk el, biológiai, kémiai és mechanikai szűréshez.(pl: aktív szén, szivacs, kerámia gyűrű, tufa, nitrátmegkötő műgyanták).
Mindent összevetve a legelőnyösebb és a legjobb eredménnyel kecsegtető az a megoldás, ha a két típust kombinálva használjuk: a belső szűrő jó áramláskeltő és mechanikai szennyeződést megkötő képességét párosítjuk a külső szűrő biológiai és kémiai tisztító erejével.
